「youtube-dl」というpythonのスクリプトがあり、コマンドラインからyoutubeビデオをダウンロードすることができます。
ffmpegというツールを使えばコマンドラインから動画のエンコードができます。winだと携帯動画変換君に入ってるのを使うと楽です。
このへんを組み合わせれば連続ダウンロードエンコが可能!実際にperlでスクリプト書いてやってみました!
動画はできましたが、できる動画ファイルの名前がyoutubeのID名で内容がよくわからない・・・大量にやったらわけわかめですな。